Über fünfzig größere und kleine Halligen gestalteten einstmals die friesischen Uthlande. Sie blieben als Reste nach großen Sturmfluten als kleine Landflächen erhalten oder bildeten sich durch Aufschlickungen wieder neu.

Zu dieser Zeit war Waygaard vor 1574 eine Hallig. Mit einem kleinen Hafen bestanden für kurze Zeit sogar Handelsbeziehungen mit Friesland und Holland. In der Folge von Eindeichungen wurde auch Waygaard zwischen 1574 und 1577 mit einem Seedeich landfest gemacht. Heute besteht Waygaard aus der Großwarft Süder-Waygaard, Norder­Waygaard,

Waygaard-Deich und Bollhaus. 

Insbesondere die Großwarft Süder-Waygaard hat die alte Siedlungsstruktur weitgehend erhalten und gilt mit ihren heute 14 Häusern in ursprünglicher Bebauung als ein Kleinod in Nordfriesland mit einer überregionalen Bedeutung. Die ältesten Häuser der Südseite sind so genannte Ständerhäuser mit einer Kattschur. Diese Bauweise verhinderte bei einer Sturmflut die völlige Vernichtung, auch wenn die Wände dem Wasserdruck einmal nicht standgehalten hätten. Die Nordseite wurde bei einem Großbrand 1826 vollständig zerstört und danach wieder aufgebaut.

Waygaard leitete sich von dem männlichen Vornamen "Weig" ab. Mit "Gaard" wurde ein bedeutender Einzelhof bezeichnet. Weiggaard bedeutet demnach "Weig sein Hof".

Seit der Gemeindezusammenlegung 1978 gehört Waygaard zur Gemeinde Dagebüll.